白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘甚至连小学生也不放过他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤 　　在某个医学会议上黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故发现革命党人对救国更具远见时他决定帮助革命党人逃过厄运随后他直捣白莲教总坛决胜九宫真人揭开迷信假像又因奋慨国运衰竭民智末开不惜与纳兰元述决一死战