舞台是象征理性的「青之世界」然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关通称「琉球LAG」在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们主人公作为教官率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider）共同浴血奋战应对来自异世界的攻击和威胁在这样的生活中他们的友情也在逐渐加深